Änderung der Zeiterfassung für fusionierte Mitarbeiter - BR mit im Boot?

Noch eine Frage: in unserem Unternehmen ist die Berechnung der Arbeitszeit folgendermaßen geregelt: es wird morgens eingestempelt und abends ausgestempelt. Die Zeitangabe erfolgt in 1/100 Industrieminuten. Wenn allerdings ein Kollege um 2 Minuten nach 7 Uhr (Arbeitsbeginn) anstempelt, wird sein Freizeitkonto mit einer vollen Viertelstunde belastet. Stempelt er nach der Arbeit aber bis zu 13 Minuten nach der jeweiligen Viertelstunde ab, bekommt er diese Viertelstunde nicht gut geschrieben. D.h., dass im ungünstigsten Fall ein Kollege fast eine halbe Stunde Arbeitszeit verlieren kann. Wir haben keine Gleitzeit, jedoch ein Freizeitkonto, welches sowohl ins Minus als auch ins Plus belastet werden kann. Der Grund für die Viertelstunden-Erfassung liegt darin, dass der Arbeitgeber auch nur Viertelstunden an den Kunden weitergeben kann. Nun ist zu unserer Firma durch Fusion noch eine kleine Firma hinzu gekommen. Diese Kollegen haben arbeitsvertraglich Gleitzeit vereinbart und sollen nun an unser starres Viertelstundensystem angepasst werden. Braucht die GF hier die Zustimmung des BR, selbst wenn die betroffenen Kollegen sich damit einverstanden erklären? Wir BRMs wollen nämlich weg von der starren Regelung, die die Kollegen nur benachteiligt. Welche Möglichkeiten seht ihr?